Üsküdar ilçesi Bağlarbaşı semtinde bulunan okulumuz 1887 yılında Fransızlar tarafından "Saint Mari Okulu" adıyla hizmete girmiştir. I. Dünya Savaşı'nda ise; Fransızlardan alınarak "Cem Sultan" adı verilmiş ve barıştan sonra tekrar Fransızlara devredilmiştir. 27 Eylül 1934 tarihinde ise İstanbul Belediyesi tarafından 18.00 liraya satın alınan bina, "48. Mektep" adıyla eğitim ve öğretime açılmıştır. Bu bina yeterli gelmeyince, 1968 yılında şu an eğitim ve öğretim hizmetini sürdürmekte olduğumuz yeni bina yapılmış, aynı yıl eğitim ve öğretime açılmıştır.
1965'de öğrenme güçlüğü çeken öğrenciler için özel eğitim sınıfı, 1989'da ise ana sınıfı eklenmiştir. Özel eğitim sınıfı ve ana sınıfları ile eski binada 2005 yılına kadar hizmet verilmiş; aynı yıldan itibaren ana sınıfı ve özel eğitim sınıfı yeni binaya taşınmıştır. Eski bina ise 2006-2007 eğitim- öğretim döneminde temel eğitimini tamamlayan özel eğitim öğrencileri için "Üsküdar İş Okulu" adıyla mesleki eğitim merkezi olarak düzenlenmiş ve okulumuzun bünyesinden ayrılmıştır. Yeni bina 643 m2 üzerine kurulu olup, iki blok ve üç Kattan oluşmaktadır. Bu binada toplam 21 derslik, 1 idari oda, öğretmen odası, memur odası, aile birliği odası, rehberlik odası, 1 arşiv ve 1 kütüphane bulunmaktadır. Ayrıca eski binanın uzantısı olan bölümünde ise; kantin, çok amaçlı derslik, 80 kişilik toplantı salonu ve 1 fen laboratuvarı bulunmaktadır.
1993 yılında sekiz yıllık eğitime geçen ve "Bağlarbaşı İlköğretim Okulu" adıyla hizmet vermeye başlamıştır. Okulumuz 2007 yılında İstanbul Valiliği - İl Sağlık Müdürlüğü tarafından uygulanan Beyaz Bayrak projesi kapsamında Üsküdar bölgesinde seçilen en temiz dört okuldan biri olarak, İstanbul Valiliği tarafından sertifika ve plaketle ödüllendirilerek anlamlı bir başarı kaydetmiştir.
Okulumuz 2010 Haziran ayında güçlendirme çalışmasına alınmıştır. Elektrik su, doğalgaz tesisatı yenilenmiştir. 2014-2015 eğitim-öğretim yılı itibarı ile okulumuz sadece ilkokul olarak hizmet vermeye başlamıştır.
2015 yılında okul tadilat görmüş olup kapı ve pencerelerin birçoğu değiştirilmiştir . Ayrıca 2015 yılında da İstanbul Valiliği - İl Sağlık Müdürlüğü tarafından uygulanan Beyaz Bayrak projesi kapsamında Üsküdar bölgesinde seçilen en temiz okuldan biri olarak, İstanbul Valiliği tarafından sertifika ve plaketle ödüllendirilerek anlamlı bir başarı kaydetmiştir.
2017 yılında okul kütüphanemiz yenilenmiştir. Ayrıca “Bir Tohum Bin Umut” Projesi kapsamında okul bahçemiz düzenlenerek öğrencilerin bitkilerin büyüme aşamalarını gözlemleyecekleri bahçelere dönüştürülmüştür.Okulumuzda okul müdürü, 2 müdür yardımcısı, 4 anasınıfı öğretmeni, 2 rehber öğretmen, 1 İngilizce öğretmeni, 1 din kültürü ve ahlak bilgisi öğretmeni ve 20 sınıf öğretmeni olmak üzere toplam 28 öğretmen bulunmaktadır. Ayrıca 1 güvenlik görevlisi, 3 yardımcı hizmetli ve 1 anasınıfı hizmetlisi bulunmaktadır.