Küçüksu Kasrı’nın bulunduğu Boğaziçi’nin bu şirin yöresinde, yerleşim tarihi Bizans Dönemine dek inmektedir. Osmanlılar Döneminde de ilgi çeken ve "Kandil Bahçesi" adıyla padişahın has bahçelerinden biri olarak kullanılan Küçüksu ve çevresini IV. Murad’ın (1623-1640) çok sevdiği ve buraya "Gümüş Selvi" adını verdiği bilinmektedir.
17. yüzyıldan başlayarak çeşitli kaynaklarda "Bağçe-i Göksu" adıyla geçen yörede, özellikle 18. yüzyıldan başlayarak yoğun bir yapılaşma izlenmektedir. Sultan I. Mahmud Döneminde (1730-1754) Divittar Mehmed Paşa, padişah için bu Hasbahçe’nin deniz kıyısına iki katlı ahşap bir saray yaptırmış, bu yapı III. Selim (1789-1807) ve II. Mahmud (1808-1839) dönemlerinde de onarılarak kullanılmıştır.
Sultan Abdülmecid Dönemi (1839-1861), özellikle saray ve kasır mimarlığında batılı biçimlerin tercih edildiği yıllardır. Abdülmecid, Dolmabahçe ve Ihlamur yapılarında uygulattığı yenilikleri, Küçüksu Kasrı’nda da uygulatmış, eski ve ahşap yapıyı yıktırarak yerine bugünkü kasrı yaptırmıştır.1857'de hizmete giren yeni Küçüksu Kasrı’nın mimarı Nikogos Balyan’dır. Bodrumuyla birlikte üç katlı olan kasır, 15x27 m.lik bir alan üzerine yığma tekniğiyle ve kargir olarak yapılmıştır. Bodrum katı kiler, mutfak ve hizmetçilere ayrılmış, diğer katlarsa bir orta mekâna açılan dört oda biçiminde düzenlenmiştir. Bu özelliğiyle geleneksel Türk evi plan tipini yansıtan yapı, genellikle dinlenme ve av amaçlı olarak kullanılan bir "biniş kasrı" niteliğindedir. Devlete ait diğer saray yapılarının tersine yüksek duvarlarla değil, dört yönde kapısı olan ve döküm tekniğiyle yapılmış zarif demir parmaklıklarla çevrilidir. Abdülaziz Döneminde (1861-1876) cephe süslemeleri elden geçirilen yapı, zaman zaman çeşitli onarımlar görerek günümüze ulaşmış, ancak bu arada eski saraydan kalan ve çeşitli işlevlerdeki ek yapılarını yitirmiştir.Kabartmalarla süslü ve hareketli deniz cephesinde, bu cepheye yaslanmış şadırvanlı küçük havuzunda, merdivenlerinde çeşitli batılı süsleme motifleri kullanılmıştır. Oda ve salonlar değerli sanat eserleriyle döşenmiş, bu iş için Viyana Operası dekoratörü Sechan görevlendirilmiştir. Alçı kabartma ve kalem işi süslemeli tavanları, bir şömine müzesini andıran birbirinden farklı renk ve biçimde, değerli İtalyan mermerleriyle yapılmış şömineleri, her bir odada ayrı süslemeli ve ince işçilikli parkeleri, çeşitli Avrupa üsluplarındaki mobilyaları, halı ve tablolarıyla eşsiz bir sanat müzesi niteliğindeki Küçüksu Kasrı, Cumhuriyet Döneminde de bir süre devlet konukevi olarak kullanılmış ve günümüzde bir müze-saray işlevi kazanmıştır.1994 yılında kapsamlı ve çağdaş bir restorasyon gören Küçüksu Kasrı, halkın ziyaretine açık tutulmaktadır.Hemen yanıbaşındaki iskele, çeşme meydanı ve özgün bahçe tarihsel ve eskiden olduğu gibi halkın eğlenip dinlenebildiği bir mesire kimliğine kavuşmuştur.